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Las vías moleculares patogénicas en las enfermedades hepáticas cirróticas, como el virus de la hepatitis C (VHC), la hepatitis autoinmune (AIH) y la cirrosis biliar primaria (PBC), están poco caracterizadas.Los genes expresados ​​diferencialmente son a menudo importantes en la patogénesis de la enfermedad.La hibridación sustractiva de supresión (SSH) es un enfoque de todo el genoma que enriquece las transcripciones de ARNm expresadas diferencialmente.Nuestro objetivo era hacer observaciones novedosas de la expresión génica diferencial en la cirrosis usando SSH combinado con la reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa cuantitativa en tiempo real (RT-PCR).SSH examinó los transcriptomas hepáticos en cirrosis por VHC, cirrosis por AIH, PBC y tejido hepático no enfermo.Los clones de ADN complementario (ADNc) resultantes se volvieron a seleccionar para la expresión diferencial mediante hibridación de transferencia puntual y luego se secuenciaron.La expresión génica seleccionada se cuantificó mediante RT-PCR en tiempo real.Después de SSH, se volvieron a examinar 694 clones para determinar la expresión génica diferencial, de los cuales 145 se secuenciaron y se descubrió que derivaban de 89 genes diferentes.Siete clones eran homólogos únicamente con secuencias etiquetadas de secuencia expresada (EST) que codificaban genes que no tenían una función conocida.La expresión regulada al alza de cuatro genes se confirmó mediante RT-PCR en tiempo real: miembro 3 de la superfamilia transmembrana 4 (tetraspanina CO-029) en todas las formas de cirrosis, proteína que interactúa con hedgehog (HIP) en cirrosis AIH y quitinasa 3-like-1 (HC gp-39 o ykl-40) y repetición de arginina-ácido glutámico (RERE) en la cirrosis por VHC.Se observaron polimorfismos del gen RERE y variantes de empalme en todos los tejidos examinados.La regulación positiva de tetraspanina CO-029 se localizó principalmente en las células de los conductos biliares.En conclusión, se realizaron nuevas observaciones de la expresión génica diferencial en la cirrosis humana utilizando SSH como herramienta principal de descubrimiento.En particular, se justifican más estudios del gen RERE y sus productos en la enfermedad hepática asociada al VHC.