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La topología de la membrana del dominio del canal de colicina E1 se estudió mediante transferencia de energía de resonancia de fluorescencia (FRET).El FRET involucró un aminoácido fluorescente codificado genéticamente (cumarina) como donante y un residuo de cisteína marcado selectivamente unido a DABMI (4-(dimetilamino)fenilazofenil-4'-maleimida) como aceptor de FRET.El residuo de cumarina fluorescente se incorporó a la proteína a través de un par ortogonal de tRNA/aminoacil-tRNA sintetasa que permitió la incorporación selectiva en cualquier sitio dentro del dominio del canal de colicina.Cada variante albergaba una mutación de terminación (TAG) para la incorporación de cumarina y una mutación de cisteína (TGT) para la unión de DABMI.Se determinaron seis distancias interhelicoidales dentro de las hélices 1-6 usando análisis FRET para los estados soluble y unido a la membrana.Los datos de FRET mostraron grandes cambios en las distancias interhelicoidales entre las hélices 3-6 tras la asociación de la membrana, lo que proporcionó una nueva perspectiva de la estructura unida a la membrana del dominio del canal.En general, las eficiencias interhelicoidales de cumarina-DABMI FRET disminuyeron con la unión a la membrana, basándose en el modelo paraguas para el canal de colicina.Se desarrolló un modelo tentativo para el estado cerrado del dominio del canal basado en datos FRET actuales y publicados previamente.El modelo sugiere una disposición circular de las hélices 1-7 en el sentido de las agujas del reloj desde el lado extracelular y la asociación interfacial de la membrana de las hélices 1, 6, 7 y 10 alrededor de la horquilla transmembrana central formada por las hélices 8 y 9.